In Rheinland-Pfalz fallen 12 Seen aufgrund des Größenkriteriums größer als 0,5 km² unter die Bestimmungen der EG-Wasserrahmenrichtlinie (EG-WRRL). Bei drei der 12 Seen (Roxheimer Altrhein, Neuhofener Altrhein, Lingenfelder Altrhein) war es aufgrund ihrer sehr heterogenen Morphometrie erforderlich, sie in mehrere Wasserkörper zu untergliedern und diese Wasserkörper getrennt voneinander zu bewerten. 

Insgesamt gibt es in Rheinland-Pfalz daher 16 EG-WRRL-relevante Seen-Wasserkörper, von denen vier natürlich, einer künstlich und elf erheblich verändert sind. Angaben zur Flächennutzung im Einzugsgebiet beziehen sich  bei in mehrere Wasserkörper aufgeteilten Seen jeweils auf den Gesamtsee.

Für die ökologische Zustandsbewertung der Seen wurden seit 2004 biologische Untersuchungen hinsichtlich der Qualitätskomponenten Makrophyten und Phytobenthos, Phytoplankton sowie Makrozoobenthos durchgeführt. Die jeweils empfindlichste Qualitätskomponente gibt den Ausschlag für die Gesamtbewertung. Die Ergebnisse dieses Monitorings bilden nun die Basis für die weitere Maßnahmenplanung.