Die ökologische Durchgängigkeit eines Fließgewässersystems ist neben einer natürlichen Gewässermorphologie eine wesentliche Voraussetzung für eine standortgerechte Ausbildung der Fischbiozönose die wiederum ein Indikator für ein intaktes Ökosystems sind. Werden diese Bedingungen gestört, zum Beispiel durch Querbauwerke oder Abschnitte mit gravierenden Sauerstoffdefiziten, verliert das Gewässer ein Stück seiner ökologischen Lebenskraft und damit einen Teil seiner Funktion im Naturhaushalt.

Die Gewässer werden durch Uferverbau, Begradigungen und den Verlust von Aueflächen gravierend verändert – die Funktionalität der Ökosysteme als Lebensraum ist zum Teil stark eingeschränkt. Folgen dieser Eingriffe sind ein reduziertes Selbstreinigungsvermögen mit entsprechend hohen Unterhaltungskosten.

Der Eintrag von Nährstoffen wie Stickstoff und Phosphor in die Gewässer trägt zur Eutrophierung der Meere bei, die z.B. zur Algenmassenentwicklung führt. Hohe Phosphatkonzentrationen beeinflussen insbesondere  auch die Wasserpflanzen in den rheinland-pfälzischen Flüssen und Seen negativ.

Für sonstige Schadstoffe, die toxisch, bioakkumulierend und persistent sind oder vergleichbaren Anlass zur Besorgnis geben, gibt es nationale bzw. europaweit festgelegte Umweltqualitätsnormen. Bei Überschreitung dieser Umweltqualitätsnormen  müssen entsprechende Maßnahmen zu deren Reduzierung vorgenommen werden .